Mladý talentovaný herec se svými výkony již dokázal minimálně vyrovnat svému staršímu bratru Riveru Phoenixovi, velkému hollywoodskému talentu z přelomu 80. a 90. let, který tragicky zahynul na předávkování drogami. Joaquin začínal jako dětská hvězdička, výrazněji se ale prosadil až v posledních letech. Září především v dramatických partech, jaké měl ve snímcích Gladiátor, Quills – Perem markýze de Sade či Vesnice.
Joaquin Raphael Phoenix se narodil na Portoriku 28. října 1974 v rodině misionářů jako prostřední z pěti dětí. Díky povolání svých rodičů prožil první léta v několika středo- a jihoamerických zemích. Poté, co se rodina vrátila do Spojených států, přičichl k filmovému herectví v průběhu osmdesátých let Joaquin i všichni jeho sourozenci; vedle Rivera, který zazářil například ve filmech Indiana Jones a poslední křížová výprava (1989) či Mé soukromé Idaho (1991) se výrazněji prosadila také Summer Phoenixová, u nás známá z titulní role v dramatu Esther Kahn. Po několika reklamách účinkoval Joaquin (v jeho dětských úlohách ho v titulcích hledejte pod jménem Leaf Phoenix) i v řádce televizních seriálů: v roce 1982 debutoval sitcomem Seven Brides for Seven Brothers, později se objevil také v sériích Poldové z Hill Street, To je vražda, napsala či Superboy. Brzy získal také své první filmové role. Jeho prvotinou je dobrodružná sci-fi Vesmírný tábor (1986), představil se také v dramatu Rusové (1987) o sovětském námořníkovi, kterého na pobřeží Floridy objeví parta kluků, či v tragikomedii Rona Howarda Rodičovství (1989), v níž Phoenix zazářil po boku Steva Martina.
V první polovině devadesátých let, kdy se Joaquin Phoenix profesně odmlčel, žil společně s otcem v Mexiku. K herectví se vrátil až v roce 1995, kdy účinkoval ve společenské satiře Guse Van Santa Zemřít pro... v úloze mladíka, který dopomůže hlavní hrdince (Nicole Kidmanová) naplnit její touhu stát se televizní hvězdičkou. Výborným výkonem hned ve své první „dospělé“ roli zaujal filmové publikum a odměnou mu za to byla první hlavní úloha v melodramatu Rande (1997), kronice komplikovaných vztahů dvou maloměstských rodin - bohatých Abbotových a chudých Holtových. Režisér Oliver Stone pak mladého Phoenixe obsadil do svého drsného thrilleru U-Turn (1997) do úlohy násilnického Tuckera. Vedle toho se objevil v naturalisticky pojatém dramatu Poprava vyprávějícím o Američanech, kteří jsou v Malajsii obviněni z pašování drog, a v ústřední roli komedie Není úniku (oba 1998), ani jeden z těchto snímků ale výraznější úspěch neměl.
Prvním z řady hitů, v nichž Joaquin Phoenix přesvědčil o hereckých kvalitách i svém hvězdném potenciálu, byl krimithriller 8 mm, jehož hrdinové pátrají po zmizelé dívce v těch nejšpinavějších lokalitách Los Angeles. Snímek s Nicholasem Cagem jako detektivem a Phoenixem v úloze zaměstnance pornoshopu ale zaujal hlavně zasazením do atraktivního prostředí. Mnohem větší důraz na herecké výkony kladlo drama Quills – Perem markýze de Sade (2000) vyprávějící o osudu slavného spisovatele, umístěného do ústavu pro choromyslné. I když měl Phoenix nepříliš vděčnou úlohu mladého kněze, svým výkonem nezaostal za ostatními protagonisty Geoffreym Rushem, Michaelem Cainem či Kate Winsletovou. V setkávání s hollywoodskými hvězdami pokračoval Phoenix dramatem Temná zákoutí (2000), ve kterém hráli také Mark Wahlberg a Charlize Theronová, a především historickým dramatem Ridleyho Scotta Gladiátor (2000), v němž byl jako krutý císař Commodus soupeřem titulního hrdiny v podání Russella Crowea. Zapomínat pak nelze ani na sci-fi Znamení (2002) M. Nighta Shyamalana, v němž se Phoenix představil po boku Mela Gibsona.
S rostoucí popularitou Joaquina Phoenixe začaly v posledních letech přicházet i nabídky na hlavní role. Dánský režisér Thomas Vinterberg (Rodinná oslava) ho obsadil do neobvyklé (a komerčně nepříliš úspěšné) sci-fi romanci It's All About Love (2003), v níž byla jeho partnerkou Claire Danesová. Ústřední party získal Phoenix také ve dvou snímcích s téměř čistě mužským obsazením, svým vyzněním se však oba tyto filmy liší jako den a noc: hořkou komedii Ukradni co můžeš (2001) z prostředí americké vojenské základny doplnilo ve Phoenixově filmografii drama Okrsek 49 (2004) nepokrytě oslavující americké hasiče a záchranáře. Již druhým pracovním setkáním Phoenixe s režisérem Shyamalanem bylo výjimečné a výborně obsazené drama Vesnice (2004) polemizující s životem v současné západní společnosti. V jednom z největších překvapení filmové sezony, nezávislém válečném snímku Hotel Rwanda (2004) se pak Phoenix představil v menší, ale výrazné úloze novináře Jacka. Další významnou hereckou příležitost mu nabídl režisér James Mangold; v jeho životopisném dramatu Walk the Line (2005) se totiž Phoenix objevil po boku Reese Witherspoonové v úloze legendárního zpěváka country Johnnyho Cashe, za níž získal Zlatý glóbus. Své kvality představil také v krimi Noc patří nám (2008) jako rebelantský Bobby, jenž zamíří k policii, aby pomstil smrt svého otce.