Jednou z obětí dějin psaných vítězi měl být i německý průmyslník Habermann, který žil s rodinou na severní Moravě. Okolnosti jeho konce zůstávají dodnes nejasné. Filmový příběh se jeho životním osudem pouze volně inspiroval, ale paradoxy nejšílenějších let dvacátého století prezentuje hrůzně dokonale.
Život před válkou v pohraničí nebyl dvakrát idylický. Doba si žádala, abyste se přiklonili na jednu či druhou stranu a jen ti nejsilnější dokázali zůstat nad věcí. Patřil k nim bohatý podnikatel August Habermann (Mark Waschke), který bez předsudků dával práci Čechům i Němcům, a jeho nejbližší přítel Březina (Karel Roden). Po začlenění Sudet do Třetí říše tlak ještě zesílí, na tomto místě personifikovaný esesákem Koslowskim (Ben Becker).
Habermann i přesto dál vytváří pro své české zaměstnance ochranný štít a odmítá se plně podvolit „mateřské“ ideologii. Jenže šílená doba nakonec dostihne i jeho. Při volbě ze dvou možností, z nichž ani jedna není dobrá, učiní rozhodnutí, které se stane záminkou k tomu, aby se bezprostředně po válce stal hlavním cílem na seznamu „českých vlastenců“, z nichž většinu tvoří jeho bývalí chráněnci. Samozvaným soudcům a katům jde ale spíš o jeho majetek než o spravedlnost. Dokáže před nimi Habermann zachránit alespoň ženu a dítě?
Pro Juraje Herze je Habermannův mlýn velmi osobní téma, protože sám prošel německým koncentračním táborem v Sachsenhausen. „Myslím si, že zlo se nemá odplácet zlem. Natočil jsem tenhle film proto, abych připomněl, jaká byla pravda. Že ta msta, které se Češi dopustili na Němcích, i mnoha nevinných, po skončení války měla nejrůznější motivy. Vždy nešlo jen o odplatu za prožité utrpení, ale častým motivem bylo zastřít vlastní zbabělost i kolaboraci či motivy čistě zištné. A já si myslím, že o tom, co se dělo, se musí mluvit úplně stejně jako o zločinech druhé strany,“ říká režisér Juraj Herz.