"Martin Štěpánek pro mě nebyl pouze několik měsíců kolega ve vládě, ale skutečně člověk, ke kterému jsem cítil osobní přátelství. Musím říci, že jeho odchod mě skutečně lidsky zasáhl a je mi to opravdu líto," cituje server komentář premiéra Petra Nečase k nešťastnému úmrtí bývalého ministra. Tento vynikající charakterní herec spáchal 16. září sebevraždu. Bylo mu 63 let.

V září roku 2006 přijal Štěpánek nabídku premiéra Mirka Topolánka (ODS) na funkci ministra kultury v jeho menšinové vládě. První dny v úřadu však strávil v nemocnici, kde se podrobil chirurgickém zákroku, při němž mu lékaři odebrali z krku mandli a jednu uzlinu. Chodil na ozařování, nálezy byly negativní a zdálo se, že zhoubnou chorobu překonal. Byl znám svou zálibou ve střelných zbraních. Zbraň se mu nakonec stala osudnou, když se zastřelil ve své pracovně v bytě v Praze na Vinohradech.