Kuky se vrací je dobrodružný i poetický rodinný příběh, v němž hlavní role přebírají hrdinové ze světa dětské fantazie. "Dlouho jsem toužil udělat film, v němž bych se mohl věnovat drobným detailům - hmyzu, světlu v listí či letícímu chmýří. Zajímalo mě, co se na scéně odehrává, když herci odejdou," vysvětlil režisér v tiskové zprávě impulzy k natočení filmu, jehož hlavními, avšak ne jedinými hrdiny jsou loutky. Napadlo ho tedy změnit měřítko, zasadit příběh přímo do mikrosvěta a jeho protagonisty udělat dostatečně malé, aby kořeny stromu byly dekorací a například veškerý hmyz přirozeným komparsem. Svěrák byl zároveň autorem scénáře a jako u většiny svých posledních filmů také producentem.
Podle mluvčí filmového štábu Uljany Donátové je snímek Kuky se vrací příběhem šestiletého kluka Ondry trpícího astmatem, takže ze "zdravotních důvodů" musí pryč i jeho oblíbená hračka - růžový medvídek Kuky. Když ho maminka vyhodí do popelnice, začne pracovat Ondrova fantazie, v níž prožívá Kukyho dobrodružství v neznámém přírodním světě.
"Kuky se vrací představuje v kontextu současné domácí kinematografie jedinečný projekt; a to nejen pro své zaměření na rodinné publikum spojující dětského i dospělého diváka, ale i pro netradiční a moderní kombinaci hraného a animovaného příběhu, plného akční scén a vtipných dialogů," uvedla Donátová.
Jedinečné bylo svým způsobem i natáčení, když chtěl režisér pracovat s loutkami v živé přírodě - a tím ji zapojit do hry. "To ale vylučovalo běžný způsob animace, proto už vznik scénáře provázela řada testů.
"Stále jsem dělal nějaké zkoušky - s figurkami z lega doma na video i s velkou kamerou na film. Zajímalo mě, co při jakém zaostření uvidíme - zda s postavou pět centimetrů od objektivu nezůstanou z okolní přírody jen rozmazané fleky," prozradil Svěrák. Poměrně náročné bylo i hledání exteriérů, protože v pohádce musí být přeci pohádkové všechno.
"Když hrdina bydlí na tajemném stromě, tak to musí být opravdu tajemný strom. A když je zima v lese, tak nestačí pocukrované smrčiny, to musí být peřiny jako v Mrazíkovi. A protože se tohle všechno nenajde na jednom místě, stal se z natáčení takový výlet po vlastech českých," dodal.
Natáčení, původně plánované na 35 dní, se protáhlo skoro třikrát a odehrávalo se v několika etapách postupně od roku 2008. Tuhá zima se točila na Ještědu, zajímavé kořeny u Bechyně, mechový les a potok na vrchu Melechově a borovice a skály u Drábských světniček. Záběry nejkrásnějšího listnatého lesa vznikly na podzim ve Voděradských bučinách u Jevan, zajímavou červenou půdu nalezli filmaři v okolí Nové Paky a k tajemnému svícnovému smrku vyrazili až k Vyškovu u Brna.
Režisér zpočátku počítal pouze se šestičlenným štábem, ve finále se na natáčení podílel tým šedesáti lidí. Snímek obsahuje třikrát více trikových záběrů než zatím nejnáročnější Svěrákův projekt Tmavomodrý svět. Počítačové triky měly být původně použity výhradně k vymazání drátků, kterými se vodily loutky. Filmaři je využili i na spojování záběrů, aby v jedné scéně mohlo hrát třeba i 30 loutek najednou. Také pro scény loutek a živých zvířat se počítač ukázal jako nepostradatelný pomocník.
