Rok poté Švankmajer opouští Laternu magiku natáčí svůj první film Poslední trik pana Schwarcewalldea a pana Edgara a natáčení krátkých surrealistických filmů se pak věnuje i nadále.

V roce 1975 se narodil syn Václav a Jan Švankmajer má za sebou nejen mnohé úspěšné výstavy, ale i filmy, oceněné na mnoha festivalech. Protože oficiální místa Švankmajerovu stylu příliš nepřejí, spolupracuje s britskými, německými a švýcarskými producenty. R. 1981 kupují Jan a Eva Švankmajerovi zámek v Horním Stankově, poblíž německých hranic, a vytvářejí zde Surrealistickou uměleckou dílnu. Koncem 80. let natáčí pro MTV videoklipy.

Po roce 1991 kupují Švankmajer a producent Jaromír Kallista staré kino ve vesničce Knovíz a zakládají filmové studio Athanor film studio, věnované produkci původních českých filmů. Následují další celovečerní filmy, výstavy, ocenění na festivalech. Začátkem září pak měl na benátském filmovém festivalu premiéru jeho zatím poslední celovečerní film Otesánek.

Krátké filmy (výběr):
Poslední trik pana Schwarzwaldea a pana Edgara (1964), J. S. Bach – Fantasia g moll, Hra s kameny (1965), Rakvičkárna, Et cetera (1966), Historia naturae (1967), Byt, Zahrada, Piknik s Weissmanem (1968), Tichý týden v domě (1969), Don Šajn, Kostnice (1970), Žvahlav, Leonardův deník (1972), Otrantský zámek (1977), Zánik domu Usherů (1980), Možnosti dialogu (1982), Do pivnice, Kyvadlo, jáma a naděje (1983), Mužné hry (1988), Jídlo (1992)

Filmy:
Něco z Alenky (Alice – Švýcarsko 1987), Lekce Faust (1994), Spiklenci slasti (1996), Otesánek (2000).