Při výběru režiséra se producent Brian Grazer a vedoucí výroby Charles J. D. Schlissel a Robert DiNozzi rozhodli vydat nečekaným směrem a obrátili se na Roberta Schwentkeho, německého nezávislého filmaře, který se proslavil snímky Tattoo a The Family Jewels.
Představa thrilleru, odehrávajícího se v natolik neobvyklém a stísněném prostředí, Schwentkeho přitahovala. „Příběh pojednává o ženě, která musí po náhlé smrti svého manžela znovu získat duševní rovnováhu. Přesnou příčinu jeho úmrtí se dozvíme až v pozdější části filmu, ale je jasné, že Kyle se v důsledku této ztráty pomalu začíná vzdalovat realitě. Otázka, zda a do jaké míry se to děje, pomáhá utvářet dramatickou atmosféru tohoto filmu. Situaci dále zhoršuje skutečnost, že je nyní na péči o svou šestiletou dcerku úplně sama. I přesto, že velmi trpí, musí se už kvůli své dceři pokusit vzchopit.“
„Líbilo se mi, že se celý příběh odvíjí v jednom uzavřeném prostředí. Rozhodli jsme se, že do něj nebudeme dávat žádné scény z kontrolní věže ani se nebudeme věnovat postavám na zemi. Film po celou dobu neopustí klaustrofobické prostory letadla a nechává publikum uvězněné ve výšce 11 000 metrů spolu s jeho postavami, s nimiž se může pokusit mystérium vyřešit,“ pokračuje režisér.
„Na Tajemném letu mě zaujala postava matky, která ztratila dítě a která je donucena pochybovat o svém zdravém rozumu, protože ji ovládá tak velký žal, že si sama není jistá, zdali nepropadá šílenství,“ říká její představitelka Jodie Fosterová. „A celou tuhle situaci musí řešit v onom zvláštním mezinárodním prostředí na palubě letadla, kde jsou lidé navzájem přirozeně podezřívaví, což jí pouze přidává na vypjatosti.“
Uprostřed letu, kdy začíná paranoia Kyle propukat naplno, se přece jen objeví záblesk naděje v podobě jednoho z cestujících, který se ukáže být air marshalem – leteckým strážníkem, jejichž přítomnost na palubě letadla se stala po událostech z 11. září samozřejmostí. Air marshal Gene Carson se nyní musí pokusit zjistit, jestli je Kyle skutečně rozrušenou matkou, která hledá svou ztracenou holčičku, nebo nebezpečím pro všechny ostatní cestující. Role Carsona se zhostil Peter Sarsgaard, který má za sebou filmy jako Kinsey, Garden State nebo Shattered Glass. „Připadalo mi to jako skvělá kombinace žánrů,“ pochvaluje si herec. „Nejdřív mi to připadalo jako film o zármutku, ale pak se to změnilo v thriller a tajemné drama se spoustou zvratů. Je to jako labyrint. Je v tom rozhodně určitý silně hitchcockovský element.“