"V Habermannově mlýnu vraždí i Češi Němce. Unesou to diváci?," zeptala se v článku kritička MfD Mirka Spáčilová a připomněla slova Juraje Herze z předpremiérové tiskové konference. Zažil jsem koncentrační tábor, ztratil šedesát příbuzných, nemám tedy ani nejmenší důvod být vůči Němcům shovívavý. Ale nyní se už i v tisku odhalují hroby Němců zabitých po válce Čechy a proti skutečnosti je náš film ještě shovívavý," řekl novinářům.

"Habermannův mlýn nikoho emočně nesemele," byl titulek recenze v týdeníku Profit. Její autor postrádal "procítěnější zpracování" zajímavého tématu a silného příběhu - proto udělil snímku jen 40 procent. Hodnocení na internetových serverech je vstřícnější; diskutéři filmu udělují 73 procent. Přitom snímek označují za "profesionální řemeslo" i "černobílý pohled na Sudety v prohozeném gardu, ve kterém Herz honí příliš zajíců najednou". Chválí výkon Karla Rodena, na druhé straně kritizují několik rušivých střihů, hrozivé postsynchrony dabérů a to, že se ze čtyř příběhových linií dokončí jen jedna.

"Hodně se od filmu čekalo, přinejmenším v oblasti vyrovnání s poválečnými zločiny Čechů na Němcích. Snímek Juraje Herze je však ve výsledku dosti rozpačitý," napsala kritička Týdne Irena Hejdová. Ve srovnání s Wajdovou Katyní připomíná podle ní filmovou fosilii, co do syrovosti a síly výpovědi jí nesahá ani po kotníky, uvedla.

Podle kritičky Práva Věry Míškové je Habermannův mlýn režisérovým "solidním pohledem do historie"; nicméně ani ona v příběhu neshledává kontroverznost či šokující odhalení. Chválí kameru Alexandra Šurkaly a lituje, že Roden nedostal v postavě hajného Březiny větší prostor. Za poctivé řemeslo označuje snímek Aleš Mečíř v deníku Metro.

"Staromilsky natočené drama ze Sudet trpí bolestínským patosem," upozornila Irena Zemanová v Hospodářských novinách. "Juraj Herz se ve své novince vrací hned dvakrát: k událostem konce války, o které se u nás umění dosud nerado 'špinilo', a ke svým vynikajícím režijním schopnostem, jež v sobě po třicet let nechal spíše podřimovat," napsal Vojtěch Rynda v Lidových novinách. Podle něj je tento snímek výtečný, nehledě na téma.
Ve stejném duchu píše i kritik týdeníku Instinkt Šimon Šafránek, i když mu vadilo, že některé situace vypadají jako vytržené z kontextu a negradují. Líbily se mu herecké výkony i scény vyprávěné obrazem.

"Jděte na nového Herze," nabádá diváky ve vedoucí kulturní rubriky a Víkendu Dnes Jan Kábrt. Za dobré považuje, že se pořád točí takové filmy, které i po pětašedesáti letech otevřou historické boláky, a člověk si uvědomí, že svět nikdy nebyl černobílý. Příběh německého průmyslníka ze Sudet je napínavý, skvěle zahraný a jde pod kůži lidských charakterů.

Herz se ve filmu Habermannův mlýn zaměřil na skutečné události z doby mezi mnichovskou dohodou a rokem 1945, kdy končí válka a začíná odsun. Ukazuje jednu z nejčernějších kapitol ve vztazích mezi Čechy a Němci, neboť krutosti, které ho provázely, zůstávají dodnes tabu. Scénář vychází z románu spisovatele Josefa Urbana.

Hubert Habermann byl mlynář ze severomoravského Bludova. Byl Němec, ale s českými sousedy vycházel normálně. S některými se úzce přátelil, mluvil česky, a to i s příslušníky vlastní rodiny. Za války některým Čechům pomáhal. Po osvobození zmizel; ukázalo se, že byl v květnu 1945 zavražděn. Vražda nebyla nikdy řádně objasněna, viníci nebyli potrestáni a jeho žena byla i s dětmi po válce odsunuta.