Rafinovaným tučňákům se s pomocí hrubé šimpanzí síly podařilo opravit letadlo, ve kterém naši hrdinové havarovali během přeletu z Madagaskaru do Afriky, a vyrazili si užívat do kasina v Monte Carlu. Lva Alexe, hrošici Glorii, zebru Martyho a žirafáka Melmana ale na palubu nevzali, což čtveřici donutí doplavat za nimi po svých Středozemním mořem.

Tučňáky nutně potřebují, protože bez tučňáků nemají šanci vrátit se domů. Zejvení divokých, i když přátelských šelem v epicentru evropské zábavy pochopitelně vyvolá rozruch, který dostane za úkol zkrotit kapitánka Chantal DuBois. Je to elitní agentka organizace na odchyt zvěře, pro kterou je její práce posláním. Představa, že svůj životopis vyšperkuje ulovením žirafy, lva, zebry a hrošice ji dovádí až k nadlidskému úsilí a k rozhodnutí dostat se jim na kobylku za každou cenu.

V Africe se schovali celkem snadno, na civilizovaném světadíle jim poskytne jediné maskování kočovný cirkus, který se po evropské šňůře chystá i do New Yorku. Jenže staňte se cirkusáky, když nic zvláštního neumíte… Tenhle zpáteční lístek vyjde Martyho, Melamana, Glorii a Alexe hodně draze.

I když se předchozí díly Madagaskaru svým pojetím humoru asi nejvíc ze současných animovaných filmů blížily grotesce, tvůrci tvrdí, že by byla chyba stavět film pouze na vtipech. Režisér Tom McGrath tvrdí: „Je potřeba, aby příběh dostal emocionální kostru, která ho ponese. Pokud pouze slepíte dohromady spoustu vtipných scén, chybí vám spojovací materiál a nemáte na čem stavět.“

I proto se hrdinové Madagaskaru objeví v úplně novém prostředí s novými hrdiny, i proto se budou prohánět po evropských metropolích, i proto proti nim stane dosud největší nepřítel, i proto budou premiérově ve 3D.