Když se kapitán Colter Stevens (Jake Gyllenhaal) probudí v sedadle příměstského vlaku, netuší, kde se tam vzal. Naproti němu sedí Christina (Michelle Monaghan). Colter ji vidí poprvé v životě, ale Christina ho očividně dobře zná. Colter Stevens zjišťuje, že se probudil v těle jiného člověka. Než se stihne z nastalé situace vzpamatovat, je vlak rozmetán silným výbuchem.

Colter byl totiž zapojen do vládní mise, která je založena na experimentu nazvaném Zdrojový kód, který Colterovi umožňuje na chvíli existovat v paralelní realitě - v těle Seana v chicagském příměstském vlaku. Seanovu identitu může využívat pouze osm minut, má tedy právě osm minut na odhalení bombového útočníka. Zdrojový kód zvládá poslat Coltera do stejného časového úseku vícekrát. Získává tak více času, ale situace se mu může snadno vymknout z rukou…