Kapitán Hakl (Ivan Trojan) vyšetřuje krádež v klenotnictví. Z běžné vloupačky se ale vlivem zákulisních intrik tajné policie začíná stávat politická kauza. Z nařízení Státní bezpečnosti přebírá Haklovo vyšetřování major Zenke (Sebastian Koch), policejní specialista z NDR, pod jehož vedením se vyšetřování ubírá jiným směrem, než Haklovi napovídá instinkt zkušeného kriminalisty. Na vlastní pěst pokračuje ve vyšetřování. Může jediný spravedlivý obstát v boji s dobře propojenou sítí komunistické policie?  Protivník je silný a Hakl se brzy přesvědčuje, že věřit nelze nikomu a ničemu. Každý má svůj stín minulosti, své slabé místo, které dokáže z obětí udělat viníky a z viníků hrdiny.

Příběh Ve stínu nabízí především napínavý detektivní příběh, který se však díky skutečným dobovým souvislostem stává nadčasovou úvahou o tom, do jaké míry může jedinec vzdorovat organizované síle zla prorostlé do státních struktur. Kapitán Hakl je policajt ze staré školy, chlap, pro něhož je boj se zločinem víc než prací a důkazy jediným ukazatelem pravdy. Banální krádež, jakých řešil desítky, však odstartuje běh událostí, kdy staré dobré policajtské metody neplatí a pravda může mít víc tváří.