Nick a jeho mladší bratr se protloukají životem poznamenaní nešťastnou událostí v dětství. Nick se právě vrátil z vězení a zdá se, že kromě pití piva a občasné návštěvy posilovny, není nic, co by ho zvlášť zajímalo. Jeho mladší bratr pečuje po smrti své ženy o malého syna, před nímž však skrývá tajemství, které dítě odhalí až smutně snadno. Oba bratři se sejdou na matčině pohřbu, kde se životy všech zúčastněných náhle propojí...
Vinterberg působivě vypráví příběh dvou outsiderů z kodaňského předměstí, kteří žijí ze dne na den a snaží se v bezútěšném prostředí přežít; stačí jim „udržet hlavu nad vodou“, k čemuž metaforicky odkazuje název filmu Submarino. Seversky syrové drama se strhujícími hereckými výkony je natočeno s citem pro formu a autentičnost situací, které jen posilují emotivnost snímku.
Ve svém šestém filmu Submarino se Thomas Vinterberg navrátil k tématu dysfunkčních rodinných vztahů obdobně jako ve své předchozí tvorbě: ve snímku Rodinná oslava z roku 1998, vůbec prvním filmu manifestu Dogma 95, který získal ocenění na mnoha mezinárodních festivalech či později v odlehčené podobě v komedii Když se muž vrací domů /2007/.